在教给三个孩学习忍术的过程，自来也发现长门居然具有轮回眼，他想起了那条寓言，他的弟将为忍者世界带来重大的变革。
之后，自来也决定传授忍术给那三个孩，让他们能够在遭遇危险时自保。弥彦兴高采烈，向长门谢过上次的救命之恩，“我说你是胆小鬼，真是抱歉了。如果以后发生什么事情，下次就是我来救长门你了。”长门道，“谢谢你，弥彦。”小南笑道，“是吗？可是长门比弥彦厉害哦！”弥彦不满，“可是通过接下来的修行，我就能变强了。小南，你的话太多了！”
自来也宣布修行开始，首先教授三人查克拉的凝聚方法。当天晚上，自来也发现长门独自在门外哭泣，就过去询问。长门说的是杀死岩忍的事情，当时弥彦被打伤，长门很愤怒，脑变得一片空白，处于忘我的状态，等长门回过神来，岩忍已经死在地上了。之后长门很害怕，“怀着仇恨，失去自我的我，把对方给……这种做法是不对的。其实还有更好的方法……”
自来也道，“长门，我也不知道你的做法是否正确，但多亏了你，弥彦才活了下来。你保护了朋友，所以你的做法应该没有错，大家都不会怪你的。一旦被伤害就会记住仇恨，伤人同样也会遭人怨恨，同时也受到良心的谴责。但正是因为这种痛苦，今后才能以宽大的胸怀待人。这就是人类啊！”长门问道，“这是什么意思？”自来也大笑，“这就是成长啊！”长门再问，“成长是什么？”自来也道，“就是自己去思考该怎么做。”
长门说起自身的遭遇，他和小南在饿得无路可走时，弥彦救了他们两个，为此他不惜去偷别人的食物。长门道，“我只想保护他们两人，无论承受何种痛苦。”自来也很满意，“这样啊！”
受到弥彦和长门的感染，自来也在教授三人忍术的时候，终于开始了小说的创作，那本小说是自来也的第一本小说，题目就叫做《坚强毅力忍传》，也就是根性忍传。三个弟各有特色，弥彦精通水遁忍术，把水遁用的出神入化。小南使用纸遁（秘术，非血继限界），变化成各种兵刃和暗器，威力强大。长门出乎意料地精通五遁忍术，这跟猿飞日斩是同样的奇迹，自来也对长门最为上心。
3年后，为了测试三个弟的修行成果，自来也与三人对战。在大雨波涛，弥彦发动忍术，“水遁，水乱波！”小南射出了纸手里剑，长门结印，“风遁，烈风掌！”三人配合出击，击溃了自来也的影分身。看到昔日的三个孩已经变成了少男少女，而且已经出师，自来也道，“这样我就能放心回村去了。从今往后，一切要靠你们自己了。这3年来，你们都很努力呢！”
自来也不是没想过带三个弟回村，但是长门的轮回眼太过骇人，一旦被他人知晓，不知道会引起怎样的轩然大波。要知道这个时候，白眼、写轮眼都在木，如果再加上轮回眼，肯定会引起更大的波澜。而且团藏等人在后面兴风作浪，长门一旦到了木，会遭遇什么，自来也都不敢保证。所以自来也不惜花费了三年时间留在这里，传授忍术给三人，让三人足以自保。预言里说的很清楚，自来也只是引导者，而变革者的路要靠自己来完成，雨之国无疑是个很好的实验之地。
听到要与老师分别，三个弟都哭了，自来也道，“好啦，别哭了，弥彦。会让人以为你是胆小鬼的！小南你会成为大美人的。等你们长大了，我们还会再见的。这个国家还很贫穷，今后你们要悲伤的事情，还多着呢！不过，下次要用你们的力量去改变这个国家。”自来也转身向前走，忽然停下来，“长门，你们都成长了，对吗？”长门泪流满面，“谢谢你，老师！”自来也自认为完成了引导者的责任，放下一直压在心的石头，带着离别的伤感，返回了木。
自来也回到村后，第二次忍界大战还在持续，战斗进一步升级。（第二次忍界大战到底打了多久，除了AB先生外，恐怕没人知道。）木三忍在战斗屡立战功，三人的通灵兽，万蛇、蛤蟆太、蛞蝓，也跟着名扬天下，一起变成了传说的名号。一场大战结束后，敌人溃败了。纲手叹气，“这场战争要持续到什么时候啊！要怎样才能结束呢？”大蛇丸哼了一声，“不会有这种方法的！因恨生恨就是这个道理。”纲手不满，“你怎么这么说？”自来也道，“方法我不知道，但我一定要抓住和平！只要有这样坚信的人，我认为就有希望。”
这时，妙木山的传信蛙送来了卷轴，自来也看完后悲痛欲绝，纲手问起原委。自来也道，“那些孩们死了。我怒力想做出正确的选择，我以为那是给予我的命运。并且相信自己做出了正确的选择，可是，也许我错了。”纲手安慰他，“你一定会找到的，只要有信念。”
自来也道，“是啊，我的道路还长着呢！”大蛇丸冷笑不止，觉得纲手和自来也很天真，忍者本来就是为战争而存在的，没有了战争，就不需要忍者了。在这之后不久，第二次忍界大战就以木的胜利而结束了，战争来得快，结束的也突然，其实是各国的财力、物力、人力都支撑不住，战争打不下去了。
似乎和平的曙光降临了，自来也在木村收了另外一个平民出身的普通的弟，这个人就是波风水门，一个充满微笑，阳光一样的温柔男孩。水门拥有的天赋之高，超乎了想象，这让自来也非常满意，并把水门视为预言之。
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